Die Europa-Universität Flensburg kooperiert seit 2012 mit den Fachhochschulen des Landes im Rahmen von Zweitmitgliedschaften. Mit vier Zweitmitgliedschaften mit der Hochschule Flensburg und drei Zweitmitgliedschaften mit der Fachhochschule Kiel besetzt sie in diesem Feld eine Vorreiterrolle in Schleswig-Holstein. Die Universität strebt auch weiterhin die Einrichtung von Zweitmitgliedschaften für forschungsstarke FH-Professorinnen und -Professoren, mit der auch das Promotionsrecht verbunden ist, an.