Die Europa-Universität Flensburg kooperiert seit 2012 mit den Fachhochschulen des Landes im Rahmen von Zweitmitgliedschaften. Als Konstante haben sich in den letzten Jahren die Zweitmitgliedschaften mit der Fachhochschule Kiel und der Hochschule Flensburg erwiesen. Die EUF strebt auch weiterhin die Einrichtung von Zweitmitgliedschaften für forschungsstarke FH-Professorinnen und -Professoren, mit der auch das Promotionsrecht verbunden ist, an.